Az 1570-es évek adóösszeírásai szerint a környék falvainak nagy részében katolikus plébános helyett evangélikus lelkészek látták el az isteni szolgálatot. 1643-ban Nádasdy Ferenc katolizált, és vele együtt a hatalmas Nádasdy dominium is visszatért a katolikus egyház kebelébe. Szinte azonnal megindult a térítés, a templomok, iskolák, temetők stb. visszavétele. Ennek ellenére 1748-ban még mindig az írják Hövejről, hogy a lakosok egy része lutheránus, más része katolikus.
A győri püspök-ség 1748. évi egyházlátogatási jegyzőkönyve szerint Hövejen még nem volt templom. 1760-ban a község könyörgő levélben fordult a megyéspüspökhöz, hogy „más helységek példájára, a főtisztelendő és kiváló csornai prépost úr által kijelölt helyen egy kápolnát építhessenek, ahol lelki üdvösségükért szentmiséket mutatnának be”. A püspöki jóváhagyás után a kápolnát egy év alatt tető alá hozták, és a Szentháromság tiszteletére felszentelték.
1765-ben, Zichy Ferenc megyéspüspök Himodot plébániai rangra emelte, Hövejt pedig mint filiát rendelte alá. Az ekkor készült egyházlátogatási jegyzőkönyv szerint a höveji templom fala és boltozata égetett téglából való. Belseje tágas, 250 személy befogadására alkalmas, a kóruson további 50 ember fér el. Sem sekrestyéje, sem pedig az egyházi ruhák tárolására szolgáló szekrénye nem volt. Az oltár egy időben készült a tabernákulummal és a Szentháromságot ábrázoló oltárképpel. A lunettakép Szent Mihály arkangyalt ábrázolta. A karzaton még nem volt orgona. 1761-ben készült, vörösre festett szószékét megfelelőnek ítélte a vizitátor. A templomnak akkor még nem volt tornya, az egyetlen ötvenfontos harang öntésének körülményeire, illetve fölszentelésére nem emlékeztek.
1794-ben a templomhoz tornyot építettek. Feltehetően e bővítés idején emelték a sekrestyét és a bejárat előtti oromzatos szélfogót, a „cillá”-t. A templom tetőzetét abban az időben fazsindely fedte. Az átépített templomot Lavrics, mihályi plébános, kerületi esperes áldotta meg.
A templom tornyában 1813-ban két harang függött. A 300 font súlyút Szent Vendel, a 200 fontosat Jézus, Mária és Szent József tiszteletére szentelték fel. 1825. január 6-án Schwarzenberg Ernő herceg, győri püspök Szent Mihály tiszteletére szentelte föl az újonnan öntött 100 fontos lélekharangot. 1872-ben a feltehetően megrepedt nagyharang helyett a község Sopronban másikat öntetett. A költségekhez Simon Vince csornai prépost 120 forinttal járult hozzá. A 481 fontos új harangot Zalka János megyéspüspök szentelte föl Szent Ignác tiszteletére. 1944-ben a németek hadi célokra lefoglalták, majd elszállították a templom középső harangját.
A 19. század közepén, a kóruson már ötváltozatú orgona állt. Építési idejét nem ismerjük, de 1860-ban már javíttatták, tehát valószínűleg hosszabb idő óta használatban volt. A templom kegyszerei között már szerepelt egy aranyozott réz szentségtartó és három cibórium, amelyek közül az egyik Simon Vince csornai prépost adománya volt. Nem sokkal később Gyöngyösy Pál prépost jóvoltából egy selyem miseruhával gazdagodott a templom.
A templom belsejét az 1920-as évek elején végzett renoválás után 1928-ban Malasits Ferenc templomfestő három hónapi munkával kifestette. Pócza Ernő, az utolsó höveji plébános az ismert festőművésszel, Závory Zoltánnal restauráltatta a kegytárgyakat és az oltárt, s újabb falképekkel díszítette a templomot 1982-ben.
2001-től kezdődően megtörtént a templom külső tatarozása, majd Vitéz Pócza Gyula adományából haranggal gazdagodott a templom. A felújítás befejezéseként a höveji származású Pócza János asztalosmester új ablakokat adományozott a templomnak, amelyekbe Vitéz Pócza Gyula és az Egyházközség ólomüveg ablakokat készíttetett. A színes üvegek: Szent Annát, Szent Ilonát, Szent Józsefet és Szent Vendelt, Hövej védőszentjét ábrázolják. Mára új gyóntatószékkel és elektromos fűtéssel látták el a templomot.
Dr. Breyer István győri megyéspüspök 1939. január 1-jei hatállyal elrendelte az önálló höveji plébánia felállítását. 1989-től kezdődően a megüresedett höveji plébánia híveinek lelki gondozását a szomszédos Himod, majd Kapuvár, jelenleg pedig Garta plébánosa látja el.
